Создавая регулярную армию и флот, Петр I ввел в войсках штатные должности военных священников. Эти священнослужители находились на государственной службе и получали денежное довольствие наравне с младшими офицерами, что значительно отличало их от обычных приходских священников.

Если основные обязанности военных священников были регламентированы уже в петровский период, то вопрос руководства ими в XVIII веке так до конца и не был решен. Долгое время военное и флотское духовенство подчинялось специально назначаемым обер-полевым священникам и обер-иеромонахам флота только в период походов и военных кампаний. Все остальное время за военными священниками надзирали епархиальные власти по месту дислокации воинских частей. Такое положение сохранялось до начала XIX века.

Император Павел I, стремясь ввести четкую вертикаль подчиненности в деятельность всех государственных институтов, обособил военное духовенство от епархиального. Для этого был создан постоянный орган управления военным духовенством во главе с обер-священником. Указом от 4 апреля 1800 года император определил, что «Обер-Священник, как в военное время, и тогда, когда войска в движении, равно и в мирное иметь должен в ведении своем всех Священников армии, и, следовательно, по всей части белого священства принадлежит ему главное начальство, в разсуждении всего того, что идет и до юридических надобностей».

Последовавшие затем еще несколько указов и распоряжений установили основные обязанности и порядок взаимоотношений обер-священника с военным духовенством, епархиальными архиереями, военным руководством. С этого времени должность обер-священника становится постоянной. Первым был на нее назначен и возглавил военное духовенство протоиерей П.Я. Озерецковский.

Озерецковский провел большую работу по упорядочению деятельности военных священников, улучшению их материального положения. По его инициативе началось активное строительство полковых церквей, подготовка кадров для военного духовенства. Он добился открытия особой, армейской духовной семинарии, «дабы дети армейского и флотского духовенства, обучающиеся в семинарии, ни в какое другое состояние не поступали, как только в армию на священнические места, и чтобы все они обучались в одной семинарии под одним присмотром».

В штат семинарии в 1800 году входили ректор, префект-инспектор и три учителя. В трех классах: богословском, философском и историческом – учились 25 воспитанников. При семинарии было создано училище, в котором обучались 84 воспитанника. Кроме риторики, философии, богословия и языков в семинарии преподавалась история, география, математика. Несколько часов в неделю отводилось изучению военных уставов и артикулов, а также медицины.

В XIX веке развитие военно-духовного ведомства происходило весьма активно при непосредственной поддержке императоров, Синода и военного руководства. Окончательно структура военного духовенства сложилась в 1890 году, когда императорским указом от 12 июня было утверждено «Положение об управлении церквами и духовенством военного и морского ведомств».

Специфика пастырской службы в войсках отразилась в особенностях устройства института военного духовенства. Хотя ведомство имело много общего с епархиальным устройством, существовали и принципиальные отличия. Общим было то, что возглавлявший военное и морское духовенство протопресвитер (высший священнический ранг для белого духовенства в России), подобно архиерею назначался Синодом и утверждался императором. Он подчинялся непосредственно Синоду и имел духовное правление по образу консистории, представлял в Синод ежегодный отчет о вверенном ему управлении «применительно к установленной форме донесений епархиальных архиереев о состоянии епархий», мог поощрять и наказывать подведомственное ему духовенство в пределах предоставленных ему прав. Кстати, поощрять военных священников приходилось часто и за дело, так как в многочисленных войнах полковые батюшки не редко проявляли высокий героизм и даже водили солдат в атаки.

Должность протопресвитера военного и морского духовенства была высшей иерейской должностью в Русской православной церкви. При поставлении ему давалась митра (специальный архиерейский головной убор), он был присутствующим или постоянным членом Священного Синода, а подчиненность военному министру по военным вопросам и право личного доклада императору, утверждавшему его назначение, делали его положение относительно независимым. Более того, протопресвитер кроме своих должностных обязанностей не нес дополнительного послушания. По служебному положению и материальному обеспечению в военном ведомстве он приравнивался к генерал-лейтенанту, а в духовном мире – к архиепископу.

Высокое положение протопресвитера и специфика руководимого им ведомства вызывали дискуссии в церковных кругах о том, кто должен возглавлять военное духовенство. Постановка такого вопроса была вполне правомерна, так как, по сути, епархией, территорию которой составляла вся страна, управлял не епископ, а представитель белого духовенства. Неоднократные предложения заменить в русской армии протопресвитера архиереем не имели успеха. «Государственные и военные власти не хотели этого потому, что с протоиереем легче было обходиться, чем с архиереем», – считал митрополит Вениамин (Федченков). Любопытно, что именно митрополит Вениамин по решению архиерейского Синода возглавил в 1920 г. военное духовенство в Русской армии барона П.Н. Врангеля, сменив на этом посту протопресвитера Г.И. Шавельского. Этот случай стал единственным прецедентом в 220 летней истории российского военного духовенства.

Ведомство протопресвитера позволяло обеспечивать качественное решение задач, стоящих перед военным и морским духовенством. По сути, оно напоминало ставропигию, подчиненную власти Синода по образу ставропигиальных монастырей, для заведования которыми Синод имел специальное учреждение в составе Московской Синодальной конторы. После восстановления в Русской православной церкви патриаршества, решением Поместного собора 1918 года ведомство военного и морского духовенства, как и положено ставропигии, было подчинено непосредственно патриаршему попечению. Но в таком виде ведомство протопресвитера просуществовало считанные дни.

Созданная в России структура руководства военным духовенством по функциональному предназначению соответствовала организационно-штатному построению армии и флота, решаемым ими задачам. Протопресвитер управлял подведомственным ему духовенством через корпусных, дивизионных, гвардейских и флотских благочинных (старших священников). При протопресвитере было создано духовное правление, которое имело небольшой штат опытных военных пастырей, а также канцелярию, архив и казначейство. На время военных действий учреждались должности главных священников армий (бывшие полевые обер-священники), а в Первую мировую войну – и главных священников фронтов. В такой структуре, без существенных изменений институт военного духовенства встретил революционные события, кардинально изменившие государственный строй России.

Система военного духовенства, постоянно развиваясь и совершенствуясь, просуществовала в стране до 1918 года, а в белых армиях – до 1921 г. Изменение отношения государства к православной церкви началось в годы Великой Отечественной войны. В наши дни, после долгих дискуссий, в Министерстве обороны РФ было принято решение о введении в армии института военного духовенства. По информации статс-секретаря, заместителя министра обороны РФ Николая Панкова, опубликованной в СМИ в конце ноября, «военные священники появятся на всех базах вооруженных сил РФ за рубежом и на Северном Кавказе. Уже отобраны 13 священников». В патриархии же давно создан специальный орган для руководства священниками, окормляющими военнослужащих и представителей спецслужб, – Синодальный отдел по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными учреждениями.