Поражение Томомори одновременно было победой Ёсицуне. Но полководец недолго наслаждался триумфом. Сегуном должен был стать Ёритомо, но Ёсицуне решил оспорить это право у своего брата. Сражение между братьями произошло в 1189 году под Коромогава.

Минамото Ёритомо одержал победу ив 1192 году провозгласил себя сегуном. В качестве резиденции он избрал Кама-кура, а не Киото. С этого момента должность сегуна, которая прежде означала временно назначаемого командующего императорской армии, приобрела совершенно иной смысл и стала постоянной. Дом Минамото и его ветви на протяжении почти восьми столетий удерживали эту должность за собой.

Собственно Минамото удерживали власть на протяжении всего трех столетий. После смерти Ёритомо влияние перешло к семье его жены. Два следующих сегуна фактически были марионетками в руках родственного клана Ходзё, который приобрел право регентства — сиккен.

На протяжении XIII века регенты Ходзё сталкивались с двумя серьезными вызовами. Первым была война Сёкю, когда император Го Тоба попытался свергнуть власть регента Ходзё и вернуть себе всю власть, какой императоры располагали в прошлом. Армия Ходзе под командованием Ходзё Ясутоки вышла из Камакура и направилась к Киото, где армия императора обороняла мост через реку Удзи. Сражение шло на протяжении целого дня, победа досталась Ходзё, который и вступил в Киото с триумфом.