Рейд вдоль западного побережья Америки оказался необычайно удачен. Корабль Френсиса Дрейка был перегружен богатейшей добычей, пора было подумать о возвращении в Англию. Но идти к Магелланову проливу капитан не рискнул, понимая, что там его уже ждут испанские корабли. Решив обмануть испанцев, Дрейк отправился в неведомый путь через Тихий океан.

Ему повезло, погода благоприятствовала плаванию, и вскоре он достиг Марианских островов. В Индонезии у острова Целебес пришлось сделать длительную остановку, чтобы отремонтировать корабль перед длительным рейдом вдоль берегов Африки. Дальнейшее плавание прошло спокойно, и 26 сентября 1580 года «Золотая лань» вошла в порт Плимут. Так закончилось второе после Магеллана кругосветное плавание, совершенное пиратом и авантюристом Френсисом Дрейком.

В Плимуте капитана ждала торжественная встреча. Королева Елизавета прибыла на «Золотую лань» и прямо на палубе произвела Френсиса Дрейка в рыцари. И королеве было за что его награждать, ведь Дрейк привез добычу, почти в два раза превышавшую годовой доход английской казны. Кстати, в Англии в тот период только около 300 человек имели звание рыцаря. Стоит учесть, что формально Дрейк стал первым капитаном, организовавшим и совершившим кругосветку, так как Магеллан погиб до окончания плавания, а берегов Испании достигли только остатки его экипажа - всего 21 человек.

Поход Дрейка вызвал крупный международный скандал, так как официального состояния войны в этот период между Англией и Испанией не было. Испанский король даже потребовал, чтобы королева Англии примерно наказала Дрейка за пиратство, возместила ущерба и принесла извинения. Естественно, что ни наказывать Дрейка, ни возмещать ущерб королева Елизавета не собиралась. Испанскому королю ответили, что он не может «воспрепятствовать посещению Индий англичанами, а посему последние могут совершать туда путешествия, подвергаясь риску, что их там схватят, но уж если они возвращаются без ущерба для себя, Его Величество не может просить Ее Величество их наказывать».

Дрейк теперь мог почивать на лаврах. Он получил пост мэра Плимута, стал инспектором королевской комиссии, занимавшейся проверкой состояния флота, а в 1584 году был избран членом палаты общин. Но сухопутная жизнь Френсиса Дрейка явно тяготила. Когда в середине 80-х годов отношения Англии с Испанией обострились, он предложил королеве свои услуги и получил указ сформировать большой флот для удара по Испании.

В короткий срок Дрейку, получившему чин генерал-адмирала, удалось подготовить к походу 21 корабль. В 1585 году эскадра Дрейка вышла в море. Это была внушительная сила, но идти к берегам Испании Дрейк не решился, а испанские владения на островах и в Америке основательно пограбил, захватив ряд крупных городов, в том числе Санто-Доминго и Картахену. Правда, ему пришлось забрать из Америки английских колонистов, которым после ухода эскадры грозило уничтожение. В Плимут Дрейк снова вернулся с богатой добычей.

Соперничество Англии и Испании на море возрастало, и испанский король решил нанести упреждающий удар, подготовив крупный флот с десантом - «Непобедимую армаду». Он надеялся полностью разгромить английский флот и заставить королеву пойти на перемирие на выгодных для себя условиях. Он не мог и предполагать, что все его планы будут сорваны Дрейком, а Англия благодаря бывшему пирату вскоре станет «Владычицей морей».

Готовясь к удару по Англии, испанцы сосредоточили в Кадисе и Лиссабоне порядка 150 кораблей и транспортных судов. Но подготовка кораблей и десанта затягивалась, и англичане нанесли удар первыми. Дрейк с небольшой эскадрой в 13 кораблей 19 апреля 1587 года внезапно атаковал испанские корабли в порту Кадиса. Соотношение 60 к 13 не испугало бывшего пирата. Его моряки действовали смело, слаженно и дерзко. Им удалось прямо в бухте потопить 30 кораблей, а часть кораблей, включающую и мощнейший 1200-тонный галеон, захватить и увести с собой. Эскадра Дрейка даже предприняла рейд к Лиссабону, но атаковать город, в гавани которого стояли боевые корабли, не решилась, ограничившись разорением окрестностей и захватом торговых судов.

Испанскому флоту был нанесен серьезный удар, но мощь его еще не была подорвана, и Англия стала готовиться к обороне. Вопреки прогнозам, королева в 1588 году назначила главнокомандующим английским флотом не Дрейка (который флот собственно и подготовил), а лорда Хауарда, поручив Френсису быть при нем главным советником. Несмотря на начавшуюся блокаду, английский флот вырвался в море и нанес «Армаде», серьезно потрепанной штормом, несколько болезненных поражений, заставив её начать отступление.

В ходе преследования Дрейк, командовавший частью эскадры, 29 июля у Гравлина разгромил большую часть из остатков испанского флота. Но затем он совершил серьезный просчет, когда, не имея осадных орудий, начал блокаду Лиссабона, где укрылись остатки «Армады». Город ему взять не удалось, а большую часть своих сил он потерял. Относительная неудача вызвала гнев королевы, и Дрейка отстранили от военно-морских дел, но он продолжал оставаться мэром Плимута и депутатом парламента. Чтобы не быть окончательно оторванным от флота он в этот период основал в Чатеме приют и госпиталь для раненных моряков.

В 1594 году Англии снова понадобился опытный адмирал, чтобы возглавить оборону острова от очередной экспедиции испанцев. Адмирал Дрейк и в этот раз действовал успешно, испанцы были отбиты. А на следующий год он возглавил небольшую эскадру из 6 кораблей и двух десятков торговых судов к берегам Америки. Но на этот раз фортуна Дрейку изменила. Его десант на Канарских островах был отбит, попытки захватить Сан-Хуан также оказались безуспешными. Дрейк смог потопить несколько испанских кораблей и разграбить поселки на побережье, но большего достичь не удалось.

Неудачи преследовали эскадру, в экипажах распространились болезни. Началась лихорадка и у Дрейка. Справиться с болезнью ему уже было не суждено. Близ Порто-Бельо утром 28 января 1596 года адмирал скончался. По традиции Френсиса Дрейка, положив тело в свинцовый гроб, похоронили в море. Остатки эскадры под командованием Томаса Баскервиля вернулись в Плимут без своего адмирала.

В Англии чтут память адмирала Френсиса Дрейка. В Плимуте ему установлен памятник, создан музей его имени, а воссозданный корабль «Золотая лань», на котором он совершил кругосветку, снова прошел тем же маршрутом и теперь является туристической достопримечательностью.